1、 4月2日凌晨5时30分，感染科收治一例重症肺炎患儿，住院3小时，因呼吸衰竭，经积极抢救无效死亡。鉴于此期间市医院有类似情况，医院立即召开会议，要求有关科室加强预警，警惕春季新发传染病发生，如病人增多，须及时向院部报告，以利采取对策。
2、4月3日，为有效应对小儿重症肺炎收治，加强救治力量，医院又召开会议，成立多学科骨干组织的小儿重症肺炎专家救治组，如再遇重症小儿肺炎患者，立即实施综合救治，同时向市卫生局汇报。
3、4月19日，感染科已收治手足口患儿51例。当日，医院成立了应急救治工作指挥部，下设七个工作组，明确各组职责与任务，同时启动突发公共卫生事件应急预案。当日，为减轻感染科收治压力，避免交叉感染，将肝一科病员分流到肝二、肝三科，改为感染二科。
4、4月20日，市委书记、市人大常委会主任宋卫平到医院检查指导手足口病防治工作，并深入感染科慰问医护人员。
5、4月21日晚，市手足口病防治工作指挥部决定将阜阳市第二人民医院定作阜阳市手足口病救治定点医院。该院收治的第16例重症患儿刘畅在国家、省、市专家的联合诊治下，病情稳定。ICU病房已建立起来，设置了4张床，设备继续配备，并整合市卫生资源，调配了5名医师、6名护士，对他们进行了培训，充实定点医院支援工作。流调结果显示，发病区域由阜南、临泉两县，颍州、颍泉两区增加了太和县、颍东区和亳州市利辛县，疫情呈散发漫延趋势。
6、4月22日，鉴于感染二科刚设几天就已住满并加床，医院决定将急诊科病人分流到相关科室，专门收治手足口病患儿。
7、4月23日，由于患儿住院人次急聚增加，为缓解感染二科收治压力，医院召开紧急会议，决定将行政办公区搬迁到传染病区门诊楼三楼，腾出地方设立感染三科，设置病床75张，要求各科室次日下午5时前全部搬完。
8、4月24日，行政办公楼腾空，下午4时，全面打扫卫生，20时全面完成消毒灭菌，21时床单位设置到位，当晚收住手足口患儿10例。
9、4月26日，卫生部部长陈竺，在副省长谢广祥、省卫生厅厅长高开焰，以及市委书记、市人大常委会主任宋卫平、市长孙云飞等陪同下，到医院检查指导手足口病防治工作，对医院所取得的阶段性工作给予充分肯定。
10、4月28日上午，市委书记、市人大常委会主任宋卫平到医院检查指导手足口病防治工作。下午，再次到医院了解救治工作中存在的问题和困难，并提出4点要求。
11、4月29日,省委副书记、省长王三运到医院深入病房看望重症手足口病（EV71感染）患儿，慰问医务人员，对医院前期工作给予肯定，并对下一步工作提出要求。
12、5月1日，市委书记、市人大常委会主任宋卫平和副市长王改林，率领市供电公司、市建委、市质监局、市消防支队、市建筑监理站、市电信公司等有关部门负责人，就医院综合病房大楼启用问题召开现场办公会议。要求由王改林副市长全面负责，各部门尽职尽责，通力配合，加强协调，支持市二院加快新综合病房大楼建设，在确保安全的前提下，争取尽快启用。
13、5月2日，省委书记、省人大常委会主任王金山，在市委书记、市人大常委会主任宋卫平等陪同下，到医院视察手足口病救治工作，对医院前阶段手足口病救治工作给予充分肯定，并对下一步工作提出要求。同时，王书记还对医院广大医务工作者表示慰问和感谢。
14、5月2日，卫生部副部长刘谦率部有关司局负责同志，在市委副书记、市长孙云飞等陪同下，到医院检查指导手足口病救治工作。
15、5月4日，启用新综合病房大楼第三层，设置感染病四科，分流感染二科、三科收治的手足口病患儿。
16、5月5日，启用新综合病房大楼第四层，设置感染病五科，分流急诊科手足口病患儿。
17、5月5日，卡他尔半岛电视台记者纳塞尔一行到医院采访，晚7时18分中央电视台一套《焦点访谈》播出阜阳市手足口病防治情况，其中有医院的内容。
18、5月6日，启用新综合病房大楼第五层，设置感染病六科，继续收治手足口病患儿。
19、5月6日，市委常委、组织部长王广满等一行到医院督查指导手足口病救治工作。
20、5月8日，感染三科撤消。
21、5月9日，感染六科撤消。
22、5月10日，感染五科撤消。
23、5月13日，感染四科撤消。
24、5月24日星期六，市委书记、市人大常委会主任宋卫平检查指导手足口病救治工作，并看望慰问了外地支援的专家、医院医务人员及部分患儿。
25、10月21日，医院被安徽省人民政府以皖政秘[2008]148号文件表彰为全省手足口病防治工作先进集体。
