2010年，阜阳市二院学科建设取得突出成效。

2010年10月经市卫生局验收合格并直接认定阜阳市第二人民医院呼吸科、肾病科为市级临床医学重点学科，胸外科、骨科和肝病科为市级临床医学特色学科。同年11月经申报并通过专家评审，该院结核科、感染科和血液净化科被市卫生局确定为第四周期市级临床医学特色学科建设学科。

目前，该院共有市级重点学科2个，市级特色学科6个。