2009年以来，阜阳市二院协作国家级课题2项、安徽医科大学课题1项，承担省卫生厅立项课题2项。

2009年7月29日，首都医科大学附属北京佑安医院与阜阳市二院签署关于《〈“十一五”国家科技重大专项：艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治〉子课题〈乙型重型肝炎肝衰竭优化诊疗方案研究（课题号2008ZX10002-005-3）〉课题合作研究协议书》，此课题由北京佑安医院牵头，阜阳市二院协作。根据合作协议，阜阳市二院须在今年底以前完成乙型重型肝炎肝衰竭患者合格病例80例的入组、治疗、与登记，并持续对患者进行随访，其中40例具有人工肝治疗的资料，人工肝治疗同样需要符合相关入组和分组标准及规定的治疗方法等五项任务。此项协作课题由我院分管科教工作副院长陶立伟负责，肝病三科副主任、副主任医师李铭等具体实施。

另一项国家级协作课题是今年6月20日，阜阳市二院与北京地坛医院签署合作协议的《重症手足口病（EV71）的早期识别治疗学与标本库建设研究》，该课题由我市呼吸学科带头人，阜阳市二院副院长、呼吸科主任医师冉献贵教授具体负责。

同时，由阜阳市二院与安徽医科大学协作的《我国常见恶性肿瘤临床标本资源库的建设和利用》课题，由安徽医科大学牵头，阜阳市二院协作，副院长冉献贵教授具体负责。

今年，阜阳市二院还承担省卫生厅立项课题2项，分别为肝病二科主任、主任医师、谭林教授申报的《早期干预防治慢性重症肝炎研究》（项目编号：09C175）和肾脏内科主任、主任医师李龙海教授申报的《乙型肝炎病毒感染的住院患者相关肾损害的研究》（项目编号：09C176）。