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颍东区疾病预防控制中心是2003年5月成立的，人员编制62人，同时挂《颍东区疾病预防控制中心》和《颍东区卫生局公共卫生监督所》两块牌子。当时有67名职工，专业技术人员37人。

2008年年底《颍东区疾病预防控制中心》正式与颍东区卫生局公共卫生监督所》分离，人员编制37人。2010年有职工39人，其中副高3人，中级12人，初级20人。中心现有建筑面积640㎡，其中业务用房面积380㎡，检验室120㎡。现有办公室、急传科、信息科、艾防科、地方病科、结核门诊、慢病科、检验科、监测科、财务科。拥有可见光光度计、生化培养箱、原子吸仪、光谱仪、疫苗运输车、防疫车、电脑等常规设备，基本上达到办公自动化。服务人群64万，每人承担1.7万多人的疾病防控任务。

2007承担淮河流域癌症综合防治项目， 2011年4月19日  国家卫生部授予颍东区癌症综合防治早诊早治示范基地。2010年度全省生活饮用水监测先进单位和先进个人一个，并获得阜阳市城区免疫规划综合管理先进单位。

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