肺科（二病区）成立于 1972 年 5 月建院之初， 1981 年肺科分为男肺科和女肺科。男肺科即后来的肺科，到 2007 年 4 月改为呼吸科；女肺科（四病区）于 1985 年改为内儿急诊科，科主任周国富。

肺科 1988 年 10 月 , 与同济医科大学上海肺科医院合作，建立联合病房至今。 2000 年以来一直为“阜阳市临床医学重点学科”， 2003 年曾被安徽省卫生厅命名的“安徽省临床医学市级重点学科”。

2007 年 4 月，新扩建传染病区呼吸楼启用，肺科分为呼吸科和结核科。结核科系阜阳市特色学科； 2009 年 1 月命名院重点学科。

呼吸内科2013 年被安徽省卫生厅命名为“安徽省‘十二五’ ' 首批临床医学重点培育专科”。

呼吸内科于2016年9月6日分为呼吸与危重症医学科综合病区和呼吸与危重症医学科感染病区。综合病区腾小宝任主任，时靖峰任副主任；感染病区赵凤德任主任。

2017年8月20日重症医学科感染病区搬迁并更名为呼吸与危重症医学科危重症病区、重症医学科内科病区，孙伟任主任。